No Brasil os programas de pós-graduação são credenciados e avaliados quadrienalmente pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), que atribui o conceito de 3 a 7 ao curso dependendo da sua performance. O menor valor refere-se a um curso com avaliação satisfatória e com autorização para funcionamento apenas em nível de mestrado. Já a nota 7 refere-se a um programa cujo nível é equiparável aos melhores cursos da área no exterior. Periodicamente os comitês de área (ex: área de Biodiversidade) se reúnem e elaboram os chamados Documentos de Área, que trazem os principais indicadores de cada área do conhecimento para serem usados como base para dos critérios de avaliação dos programas. Em 2009 a CAPES autorizou a abertura do PPGECB com conceito 4 e em 2011 o programa abriu sua primeira turma de doutorado. Desde sua abertura o programa tem sido muito bem avaliado pela CAPES. Na última avaliação (quadriênio 2017-2020) o programa alcançou o conceito 6 e já começou a trabalhar rumo ao 7!
 
Aqui são apresentados alguns documentos da CAPES que norteiam ou avaliam nosso programa: