O Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Biodiversidade da UESC oferece cursos no nível de mestrado e doutorado, selecionando candidatos através de dois tipos de processo seletivo: o regular e o institucional. O processo seletivo regular costuma acontecer em dezembro de cada ano, e é aberto a qualquer candidato brasileiro ou estrangeiro que tenha interesse em ingressar nos programas. A ordem de classificação dos candidatos aprovados é utilizada para atribuir aos mais bem colocados as bolsas de cota disponíveis ao programa. A quantidade de bolsas varia ano a ano, dependendo da disponibilidade das agências financiadoras e de cotas dos orientadores, e as regras de cada processo seletivo são explicitadas em editais específicos.

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Já o processo seletivo institucional prevê vagas para candidatos que são encaminhados ao programa pelas instituições parceiras da UESC para desenvolver dissertações ou teses de interesse da UESC e das instituições. A entrada dos candidatos também é feita por seleção, cujas características variam de acordo com cada edital, mas sempre envolvem provas e análise das propostas de pesquisa. Mas ao contrário do processo seletivo regular, os candidatos a vagas institucionais não recebem bolsas de cota do programa, pois se entende que a manutenção do aluno no programa é de responsabilidade e interesse das instituições parceiras.