O Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Biodiversidade da UESC oferece cursos no nível de mestrado e doutorado, selecionando candidatos através de dois tipos de processo seletivo: o regular e o institucional.

O processo seletivo regular costuma acontecer no formato online, anualmente entre dezembro e fevereiro, e é aberto a qualquer candidato brasileiro ou estrangeiro que tenha interesse em ingressar no Programa. A ordem de classificação dos candidatos aprovados é utilizada para atribuir, aos mais bem colocados, as bolsas disponíveis. A quantidade de bolsas varia ano a ano, dependendo da disponibilidade das agências financiadoras. As regras de cada processo seletivo são explicitadas em editais específicos.

Já o processo seletivo institucional prevê vagas para candidatos que são encaminhados ao PPGECB pelas instituições parceiras da UESC para desenvolver dissertações ou teses de interesse da UESC e das instituições. A entrada dos candidatos também é feita por seleção, cujas características variam de acordo com cada edital, mas sempre envolvem provas e análise das propostas de pesquisa. Mas ao contrário do processo seletivo regular, os candidatos a vagas institucionais não recebem bolsas do Programa, pois se entende que a manutenção do aluno no PPGECB é de responsabilidade e interesse das instituições parceiras.

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Em 2022, o PPGECB lançou seu primeiro edital com reserva de vagas para grupos minoritários, buscando reduzir as barreiras que estes grupos têm para acesso à pós-graduação. A política de reserva de vagas foi instituída na UESC no ano seguinte pela RESOLUÇÃO CONSEPE nº 79/2023.