1. Ecologia e Conservação de Populações
Dentro dessa linha de pesquisa são desenvolvidos estudos populacionais que subsidiam a conservação de espécies nativas, com enfoque principal sobre espécies ameaçadas de extinção, espécies raras e endêmicas, espécies dominantes e/ou com grande importância econômica, incluindo estudos de análises de viabilidade populacional, modelos populacionais para análise de exploração sustentável dos recursos naturais, modelagem de nicho, efeitos da mudança climática, genética de populações e conservação ex-situ, entre outros. Também nessa linha são desenvolvidos estudos de auto-ecologia de espécies nativas, envolvendo as relações entre os indivíduos e as condições ambientais. Estudos com espécies exóticas também são contemplados, desde que abordem questões relativas ao seu manejo e demais problemas relacionados aos impactos destas espécies nos sistemas naturais nativos.
2. Ecologia e conservação de comunidades, ecossistemas e paisagens
Essa linha de pesquisa engloba estudos de estrutura, dinâmica e funcionalidade de comunidades e ecossistemas terrestres e aquáticas com enfoque em análise de padrões e processos relacionados à geração e manutenção da diversidade biológica e serviços ecossistêmicos. A relação entre a distribuição espacial das comunidades biológicas e as características do ambiente físico é abordada através de análises macroecológicas e na escala das paisagens, voltadas para a compreensão de fatores determinantes. Estudos de perda e fragmentação de habitat, resistência, resiliência e restauração de comunidades e ecossistemas também estarão contemplados nessa linha.
3. Ações e planejamento em conservação da biodiversidade
Vertente do curso voltada para o desenvolvimento e avaliação de estratégias e programas de conservação da biodiversidade em seus diferentes níveis, utilizando-se tanto de informações biológicas quanto de instrumentos econômicos e de desenvolvimento social. A modelagem dos efeitos de diferentes estratégias tem se mostrado um instrumento eficiente para direcionar a tomada de decisões por comunidades tradicionais e gestores e seu uso é estimulado nos estudos desenvolvidos nessa linha de pesquisa. Estudos da interação ser humano natureza e da compreensão de conhecimentos etno-ecológicos também são contemplados nesta linha de pesquisa.